Genomic breeding · Prediction · Annotation
国家标准 育种数据
测定站导出转全国畜牧总站提交格式、有效记录筛选、国家标准 GB/T 45554-2025 规范化
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国家遗传评估与选择指数
依据国家猪遗传评估中心规范：系谱 BLUP 育种值、父系/母系指数、前 1% 优秀个体
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国家育种措施统计
依据国家猪遗传评估中心规范：10 项法定育种措施——测定率、留种率、平均月龄/胎次、传递率等
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数据准备与填充
基因型导入、质量控制、综合质控诊断、无参考面板芯片数据填充
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遗传参数估计
近交系数、亲缘矩阵、遗传力、ROH 检测
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群体结构
LD 剪枝、ADMIXTURE、PCA、NJ 系统发育树
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关联分析
PLINK 线性回归 / GCTA 混合模型 GWAS
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育种模型六模型择优（升级版）
BLUP / GBLUP / SSBLUP 等六种模型比较择优、GEBV 排名与选种决策
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预测应用（升级版）
GEBV / GPRS 育种值预测、个体遗传潜力排名、选种选配决策
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